戰疫情,強化分析功能的“2019-nCoV基因組數據分析綜合平臺”第二期上線

抗擊疫情我們在行動

疫情猛于虎,疫情就是命令,時間就是生命,隨著全國抗擊新型冠狀病毒肺炎的戰役打響,百邁客研發人員自疫情爆發以來,主動放棄休息,默默工作,日夜奮戰,爭分奪秒,盡全力開發病毒分析平臺,為全國一線疫情防控提供強有力的技術支持。

2020年1月27日,百邁客首版“新型冠狀病毒基因組數據分析綜合平臺”免費向科研人員開放,上線后,來自全國18個高校和研究單位的訪問量己達到2042次。其中包含同濟大學醫學院、哈爾濱醫科大學、華中農業大學、武漢大學、包頭醫學院等等,不少專家學者對百邁客所做的努力給以了肯定,也提出了非常多的改進意見與使用需求。
近一周來,通過研發人員加班加點的不懈努力,于2020年2月3日正式上線第二期“新型冠狀病毒(nCoV)基因組數據分析綜合平臺”。本期相較于第一期,平臺在多個方面完成優化,以更好的提高對病毒數據的深入解讀:

01、不斷豐富病毒數據庫:

研發人員不斷跟進,并實時更新毒株測序信息。目前,病毒數據庫中部署的病毒毒株的基因組信息已增加至37個,具體包括:
1、來源于GISAID的26例新型冠狀病毒的基因組序列信息;
2、來源于NCBI的MN938384、MN908947、MN975262等3個毒株的序列信息;
3. 來源于NCBI的SARS毒株(AY274119.3)的序列信息和MERS毒株(KC164505.2、JX869059.2)等3個毒株序列信息;
4. 來源于NGDC的GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000等5個毒株的序列信息;
其中MN938384、MN908947、MN975262、GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000?毒株具有全套的基因組注釋信息,用戶可以通過Browse的Gene Search模塊根據特定基因ID、或者特定基因組位置完成特定毒株中基因信息序列 及 基因結構的檢索。

02、增加更多自動化分析工具

平臺第一期已完成Blast(序列比對)、Gbrowse(基因組瀏覽器)、Primer Design(引物設計)、MEGA(進化樹,了解毒株的進化起源)、Muscle(全局多序列比對)、MCMCTREE(分化時間估算)、MultipleCompare(蛋白多序列比對)等工具的部署。
第二期在繼續修復、優化第一期工具的同時,又增加了bowtie2(將短序列比對至大基因組的工具)、bwa(短序列比對)等工具。其中,bowtie2具有速度快、節省內存,比對算法相對嚴格等特點,科研人員可用此工具實現快速比對,尤其是測序毒株與參考基因組毒株的差異性比較小時,一般選擇此工具。bwa比對算法相對寬松,科研人員可用此工具快速的將相對較小的片段比對到參考序列上,尤其是當測序毒株與參考基因組毒株的差異性比較大時,一般可選擇此工具。

03、更好實現了數據庫與工具的組合使用

科研人員可使用平臺數據庫,通過工具模塊完成一定的數據挖掘、分析。如通過我們部署的MEGA工具,即可以便捷使用數據庫中已部署的37個毒株的參考基因組序列,而且用戶可結合自己存儲的私有毒株基因組序列,構建病毒毒株的進化樹,了解新型冠狀病毒的進化樹起源。
我們將持續跟進、并更新平臺數據庫,在為國內外科研工作者提供方便快捷的數據檢索及下載服務的同時,在隨后的三期、四期研究計劃中,我們會繼續部署更多的自動化分析工具,分析保守域、毒株間的變異信息,尋找毒株間的共性的突變信息,為病毒致病機理的研究、疫苗的開發等提供技術支持。
備注:針對Muscle、MCMCTREE、MultipleCompare工具,為了提高更大的分析資源,請登錄百邁客云平臺進行分析(https://international.biocloud.net/zh/user/login),我們已經為您申請了工具的賬號:[email protected] 密碼: 123.bmk,請登錄云平臺進行使用。

04、綜合數據平臺的后期規劃

1、數據庫中將不斷實時更新、增添新測序冠狀病毒毒株的基因組序列;
2、繼續部署更多款方便快捷的自動化分析工具,為科研提供重要的數據支撐。如,后期我們會部署“病毒基因組的組裝”、“毒株全序列之間的SNP/INDEL”、“測序數據與ref尋找SNP/INDEL”等等多個工具模塊,用于了解冠狀病毒的來源,了解病毒毒株變異的路徑,從而為后期防控冠狀病毒引起的疫情,和治療新型冠狀病毒肺炎提供重要的數據支撐。
3、病毒數據庫第二期中會時時更新“新型冠狀病毒”的研究相關的文獻,便于用戶了解目前新型冠狀病毒的研究進展。
4、同步整合“騰訊醫典”,和 “騰訊健康”中的新型冠狀病毒的科普知識,幫助用戶了解疫情的發展狀況及預防防治等相關內容。為用戶掌握科研進展、了解新聞動態與科學知識提供資源與窗口。
總之:我們將不斷整合最新的病毒毒株序列信息,致力于打造成一個數據最全面、分析功能最強大的病毒綜合性數據庫平臺。

24小時對接聯系人

1、數據庫使用&數據分析對接人:

負責人:王老師
手機:18514282648(同微信)
郵箱:[email protected]

2、樣品準備&測序對接人:
負責人:康老師
手機:16622926288(同微信)
郵箱:[email protected]

2018年熬過豬價低迷寒冬,2019年躲過非洲豬瘟的肆虐,18-19年都扛過來了,2020年的春天還遠嗎?不造謠、不信謠、不傳謠,共建和諧清朗的網絡空間,相信在政府的有序組織下,人民群眾萬眾一心定能有效抗擊疫情,還2020年一個春暖花開的一年開端。

 

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